Die früheste Brannenburger Urkunde ist datiert zwischen 993 und 1000. Odalrich tauscht mit dem Bischof Albin von Brixen größeren Besitz zu "Flinspach". Dabei nimmt er aber ein Besitztum "in monte Sulzperc" aus und ein Gut in Tegerndorf, wo seine Lehensleute für ihn Mühlsteine bearbeiten.

Als sicher gilt die Annahme, dass Brannenburg im 9. Jahrhundert durch Rodung entstanden ist. Der alte Ortskern gehörte schon immer als geschlossene Ortschaft zu Schloss und Hofmark Brannenburg.

Zur Zeit des Falkensteiner Codex (12. Jahrhundert) war der Ort im Besitz der Prantenberger. Dort erwähnt sind bereits die Kirche und der Ort, letzterer allerdings unter dem Namen Niwenhusen. In der Urkunde, mit der Herzog Heinrich 1447 dem Erasmus Haslanger Schloss und Pflegeamt Brannenburg anvertraut, sind die Zugehörungen und Abgaben aufgezählt. Erstmalig ist dort auch die Taferne (Schloßwirt) erwähnt.

Bei der Einrichtung des Herrschaftsgerichts 1814 sind im Distrikt Brannenburg, der dem Gebiet der alten Gemeinde Brannenburg entspricht, aufgezählt: "66 Hausväter, 54 Weiber, 6 Austrägler, 91 erwachsene Kinder zu Hause, 64 Dienstboten und Gesellen". Kinder wurden offensichtlich nicht steuerlich berücksichtigt. Unter den Untertanen waren ein Bräu, ein Lederer, ein Schneider, drei Schuhmacher, zwei Weber und ein Wirt.

Der Name wird mit Tegardorf, das heißt Großdorf, im Gegensatz zu Litzldorf gleich Kleindorf, aus dem Althochdeutschen erklärt. Der alte Ort Degerndorf (bis 1971 selbständige Gemeinde) bestanden aus den Häusern zwischen der Ägidiuskirche und der Straßenverzweigung vor Milbing. Degerndorf wird im Jahre 814 in einer Schenkungsurkunde erstmals erwähnt.

Um 1140 standen die meisten Güter von Degerndorf im Besitz der Grafen von Falkenstein. Mit dem Niedergang der Falkensteiner um 1250 setzten sich die Wittelsbacher in den Besitz des Falkensteinischen Territoriums und seiner Güter.

Am Samstag vor Pfingsten 1444 gibt Herzog Heinrich einem Ulrich Rampold und seiner Frau und allen ihren Erben den halben Niederhof zu Tegerndorf, den man Mitterhof nennt, gegen "Reichung nach Salbuch Sag". Das Loibl-Gut (Gasthaus Post) erscheint erstmalig 1619, als ein Georg Eiblwieser darauf sitzt und um 39 Gulden Wiesen verkauft.

Bezüglich der lehensmäßigen Zugehörigkeit der einzelnen Gehöfte war Degerndorf typisch für den damaligen Zustand der Aufspaltung in unzählige Zugehörigkeiten.

Dieser Ortsteil war bis 1978 auch eine selbständige Gemeinde unter dem Namen Großbrannenberg, wobei dies eigentlich der historische Name im Gegensatz zum kleinen Brannenberg ist. In der Bevölkerung hieß es zwar immer "St. Margarethen".

Bei der Zusammenlegung 1978 hatte die Gemeinde 264 Einwohner.